キューティクルの内側、メデュラの外側にある部分。毛髪の85～90％を占めているため、毛髪の性質のほとんどはここで決まる。メラニン色素が多く含まれるので、コルテックスの色＝毛髪の色。主な要素は以下の２つ。

毛皮質細胞

硬いケラチンでできたロープ状の部分。らせん状の線維（プロトフィブリル）がねじ合わさり、その束（ミクロフィブリル）がまた何本かねじ合わさって大きな線維束（マクロフィブリル）を作る。これが何本も集まってコルテックスを構成する。

細胞間充物質

毛皮質細胞同士の間を埋め、細胞を固定するセメントの役目も果たしている物質。小さな気泡を含む非結晶性のケラチンでできていて、軟らかく弾力性に富む。シスチン結合が多く、そのため化学作用を受けやすい。パーマ剤は主にこの部分に働きかけるとされる。