自分の体に害を与えそうな異物が入り込んだとき、それを認識して取りのぞこうとするシステムのこと。体にもともと備わっている「先天性免疫」と、予防接種や細菌感染などによって得てゆく「獲得免疫」の２種類がある。一般的に「免疫」と言えば獲得免疫を指すことが多い。皮膚ではランゲルハンス細胞やマクロファージなどが異物を発見すると、それを捕まえてリンパ球に渡したり、食べてしまったりして（貪食作用）体を守る。花粉症などのアレルギーは、本来体に無害なはずの物質に免疫システムが過剰反応することで起こると考えられている。