健康な人の皮膚に住み着いている皮膚常在菌のひとつ。表皮ブドウ球菌とともに皮脂分解酵素リパーゼを出して皮脂を脂肪酸とグリセリンに分解する。分解された脂肪酸は遊離脂肪酸となり、肌を刺激してニキビの一因となる。空気を嫌う嫌気性であるため、普段から毛穴の奥や、皮脂腺の中にいることが多い。角栓で空気が遮断され、出口を失った皮脂が溜まり続けるコメドの状態はアクネ桿菌にとって非常に居心地がよく、そこで皮脂から遊離脂肪酸を大量に作り出しつつ大繁殖する。これが赤ニキビや黄ニキビの大きな原因となる。