タンパク質を分解する酵素をまとめてこう呼ぶ。タンパク質は複数のアミノ酸がつながってできているが、そのつながりを切ることによって分解してゆく。一種類のタンパク質にしか働かないものから汎用性のあるものまで、種類は非常に多い。パパイヤ果汁に漬けると肉が軟らかくなったり、パイナップルを食べ過ぎると口の中がチクチクしたりするのもプロテアーゼのはたらきによるもの。