細菌など、生体から異物（自分ではないもの）と認識され、排除の対象となる物質。抗原が発見されると、免疫を担当する細胞が抗原を捕まえて食べようとしたり、リンパ球に引き渡して抗体を作ったりして体から追い出そうとする。ほとんどの抗原はタンパク質を含み、そのままで抗原になるものを「完全抗原」、体内のタンパク質と結合して初めて抗原となる物質を「不完全抗原」と呼ぶ。自分の体の成分そのものが抗原となることもあり（自己抗原）、これは自己免疫疾患の原因となる。